داستان بازی SaGa Emerald Beyond در قلمرویی اتفاق میافتد که دنیاهای متعددی در آن وجود دارند و توسط فضای بینبعدی به نام Junction به هم متصل میشوند. شما کنترل شش شخصیت اصلی را در دست میگیرید و در میان هفده دنیای مختلف که هر کدام داستان، چالشها و پاداشهای منحصر به فرد خود را دارند، کاوش میکنید…