داستان بازی چند دهه پس از وقایع بازی قبلی، Ender Lilies، در دنیای آخرالزمانی به نام سرزمین بخارات اتفاق میافتد. سرزمین بخارات مملو از هومونکولیها، موجودات مصنوعی خلق شده از طریق کیمیاگری، است که اکنون با غم و اندوه در جهان سرگردان هستند. شما در نقش یک شخصیت جدید بازی میکنید که باید این دنیای متروکه را کاوش کنید، با دشمنان سرسخت مبارزه کنید و رازهای سرزمین بخارات را برای نجات بشریت و هومونکولیها برملا کنید…